Forskare upptäcker nästan 2000 nya tarmbakterier
Enligt många nya studier har mänskliga tarmbakteriepopulationer möjlighet att påverka olika aspekter av vår fysiska och mentala hälsa. Trots detta förblir många bakterier ”kartlade” av forskare. En ny studie har nu avslöjat cirka 2000 tidigare okända tarmbakterier.
Nya studier som omfattas av Medicinska nyheter idag har visat att tarmmikrobioten kan ha en roll i Parkinsons sjukdom och demens, och de kan förklara varför typ 2-diabetesmedicin fungerar bra för vissa men inte för andra.
Ny forskning - dyker upp igår i tidskriften Natur - har nu identifierat nästan 2000 nya bakterier i tarmen som forskare aldrig har odlat i ett laboratorium tidigare.
Teamet av utredare från European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) och Wellcome Sanger Institute, båda i Hinxton, Storbritannien, använde beräkningsanalys för att bedöma tarmmikrobiomprover från deltagare över hela världen.
"Beräkningsmetoder gör det möjligt för oss att förstå bakterier som vi ännu inte kan odla i laboratoriet", förklarar studieförfattaren Rob Finn, från EMBL-EMI.
”Att använda metagenomik [analysen av genetiskt material] för att rekonstruera bakteriella genom är lite som att rekonstruera hundratals pussel efter att ha blandat alla bitar utan att veta hur den slutliga bilden är tänkt att se ut, och efter att ha tagit bort några bitar från blanda bara för att göra det lite svårare, fortsätter han.
Finn fortsätter dock att "Forskare är nu i ett skede där de kan använda en rad beräkningsverktyg för att komplettera och ibland vägleda laboratoriearbete för att avslöja nya insikter i människans tarmar."
Ett nytt tillvägagångssätt
Teamet kunde rekonstruera 92 143 genom ur prover från 11 850 olika tarmmikrobioter.
Detta gjorde det möjligt för forskarna att identifiera 1952 arter av tarmbakterier som de och andra inte hade känt till förrän denna punkt.
Finn och kollegor förklarar att många bakteriearter har "hållit en låg profil", så att säga, eftersom forskare bara har hittat dem i mycket låga antal i tarmen, eller de kan inte överleva utanför tarmmiljön.
Detta, noterar de, har hittills hindrat forskare från att lägga till sådana arter i sin lista över tarmbakterier de känner till. Denna anledning är också anledningen till att teamet som genomförde den aktuella studien beslutade att ta en ny väg - och använda en kombination av beräkningsmetoder för att försöka komma fram till en mer omfattande "karta" över den mänskliga mikrobioten.
"Beräkningsmetoder gör det möjligt för oss att få en uppfattning om de många bakteriearter som lever i människans tarmar, hur de utvecklats och vilken typ av roller de kan spela inom deras mikrobiella samhälle", säger studieförfattare Alexandre Almeida.
Mot att skapa ”en solid ritning”
"I den här studien," förklarar Almeida, "utnyttjade vi de mest omfattande offentliga databaserna med gastrointestinala bakterier för att identifiera bakteriearter som inte har sett tidigare. Analysmetoderna vi använde är mycket reproducerbara och kan tillämpas på större, mer varierande datamängder i framtiden, vilket möjliggör ytterligare upptäckt. ”
I framtiden hoppas forskarna att denna och liknande studier kommer att ytterligare stödja deras förståelse för den mänskliga tarmen, vilket i sin tur kommer att bidra till att utveckla bättre behandlingar av olika tillstånd.
"Forskning som denna hjälper oss att skapa en så kallad ritning av människans tarmar, som i framtiden kan hjälpa oss att förstå människors hälsa och sjukdomar bättre och till och med kan vägleda diagnos och behandling av mag-tarmsjukdomar."
Studera medförfattare Trevor Lawley, från Wellcome Sanger Institute
Samtidigt konstaterar teamet att den aktuella studien har gjort forskarna mer medvetna om ett stort gap i forskning kring tarmbakterier.
Forskarna vet för närvarande relativt lite om bakteriearter som är karakteristiska för andra populationer än de som bor i Europa och Nordamerika, betonar utredarna.
”Vi ser många av samma bakteriearter växa upp i uppgifterna från europeiska och nordamerikanska befolkningar. De få sydamerikanska och afrikanska datamängder som vi hade tillgång till för den här studien avslöjade emellertid betydande mångfald som inte finns i de tidigare befolkningarna, konstaterar Finn.
"Detta tyder på att det är viktigt att samla in data från underrepresenterade befolkningar om vi vill uppnå en heltäckande bild av människans tarmsammansättning", tillägger han och uppmanar forskare att fortsätta fokusera på mer olika kohorter framöver.
